Il museo sorge all'interno di un convento seicentesco di frati Cappuccini, con l'annessa chiesa dedicata a San Francesco d'Assisi, ormai sconsacrata da tempo. 

Fu inaugurato nel 1984, dietro progetto dell'architetto Minissi. 

Nel 2004 è stato chiuso per restauro e riaperto nel 2007. 

Custodisce i reperti dell'area archeologica di Morgantina, come il cratere di Eutimide, la ceramica piumata, utensili di ogni genere.

Ad oggi ospita tre importantissime opere d'arte rientrate dagli Stati Uniti d'America:

Gli Acroliti di Demetra e Kore

Gli argenti di Eupolemos 

e la "Venere" Dea di Morgantina"